MotionBuilderのSceneから必要なオブジェクトをCtrlキーを押しながら選択する。オブジェクトのルートだけを選択してもその子のオブジェクトは選択されていないため、選択オブジェクトの上で右クリックをしてその中から「Select Branches」をクリックして、子オブジェクトも選択する。そして、メニューバーのFile→Save Selectionをクリックして保存する。